Онкогенетические исследования

для подбора таргетной терапии, иммунотерапии и тестирования на наследственные онкологические синдромы

Подбор таргетной терапии

Подбор иммунотерапии

Микросателлитная нестабильность

Генетическое тестирование по нозологиям

Онкология — что важно знать

Рак — это распространенное название связанных заболеваний. При всех типах рака группа клеток в теле начинает бесконтрольно делиться и распространяться на окружающие ткани.

Рак может начаться практически в любой части человеческого тела, состоящего из триллионов клеток.

100

видов рака существует примерно

Злокачественные опухоли

Опухоли являются злокачественными, если они могут распространяться на прилегающие ткани или проникать в эти ткани. Кроме того, по мере прогрессирования рака, некоторые опухолевые клетки отделяются и направляются через кровь или лимфатическую систему в другие части тела и формируют новые опухоли, вдали от первоначального очага.

Доброкачественные опухоли

В отличие от злокачественных опухолей, доброкачественные опухоли не распространяются на прилегающие ткани и не проникают в эти ткани. Однако доброкачественные опухоли могут иногда быть довольно большими.

Хотя существует множество тестов для скрининга и предположительной диагностики рака, точный диагноз ставится при исследовании образца биопсии ткани с подозрением на рак.

Наиболее распростарненные виды рака:

Мужчины:

предстательная железа,
легкие,
колоректальный рак.

Женщины:

молочная железа,
опухоли головного мозга,
лимфома.

Рак является основной причиной смерти во всем мире. Наибольшее количество смертей от рака: легких, желудка, печени, толстой кишки и молочной железы.

22%

всех смертей, не связанных с инфекционными заболеваниями, приходится на долю рака (ВОЗ)

Локализации

Голова и шея
Молочная железа
Пищевод
Почки
Толстая кишка
Простата
Печень и желчные протоки

Легкие
Желудок
Кожа
Мочевой пузырь
Женские репродуктивные органы
- Шейка матки
- Эндометрий
- Яичники / маточные трубы

Читать общую информацию о раке

Краткое сравнение молекулярных методов в онкологии

Молекулярно-генетические методы, используемые в онкологии, в первую очередь служат для уточнения диагноза, прогноза течения заболевания и подбора наиболее эффективной терапии (в том числе таргетных препаратов)

NGS — секвенирование нового поколения

К самым современным и перспективным методам относится секвенирование следующего поколения (NGS), позволяющее секвенировать как весь геном или экзом, так и набор конкретных генов. Секвенирование множества фрагментов ДНК происходит параллельно, что дает высокую информативность при относительно высокой скорости. При помощи метода NGS можно единовременно оценить наличие различных генетических нарушений в молекулах ДНК и РНК, таких как hotspot мутации (мутации с повышенной частотой встречаемости в популяции, горячие точки мутагенеза), одиночные нуклеотидные варианты (SNV), нарушения числа копий генов (CNV), вставки и делеции небольшого размера и химерные варианты генов.

Примером NGS, используемым в лабораторной онкологической практике, является Oncomine Focus Assay.

Oncomine Focus Assay — это анализ, основанный на технологии секвенирования Ion Torrent. Он позволяет детектировать до 1000 различных мутаций в 52 ключевых генах, связанных с развитием злокачественных опухолей.

1000

различных мутаций детектируется при помощи Oncomine Focus Assay

Преимущества метода

Наиболее универсальный анализ, способный детектировать широкий спектр мутаций
Позволяет проводить диагностику без четкой предварительной гипотезы
Одновременный анализ множества генов-кандидатов
Для проведения анализа достаточно 10 нг ДНК или РНК
Один из наиболее чувствительных методов

Недостатки метода

Высокая стоимость
Метод используется для диагностики только солидных опухолей

Другие молекулярно-генетические методы, используемые в онкологии

FISH — флуоресцентная гибридизация in situ

FISH (флуоресцентная гибридизация in situ) — позволяет определить точное расположение искомых нуклеотидных последовательностей на ДНК или РНК, визуализируя их при помощи комплементарных флуоресцентных ДНК-зондов. Служит для выявления хромосомных мутаций (делеции, дупликации, транслокации, инверсии). В онкологии наиболее применим для уточнения диагноза при подборе терапии и для определения статуса опухоли.

Выявляет хромосомные мутации: делеции, дупликации, транслокации, инверсии

Преимущества метода

Высокая скорость

Недостатки метода

Целесообразно использовать при подозрении на наличие мутации в определенной хромосоме (не может служить скрининговым тестом)
Требуется уточнение молекулярного статуса опухоли другими методами
Неспособен детектировать внутрихромосомные нарушения, т.е. большинство типов мутаций
Возможны ложноположительные результаты (1–5%)
Высокая стоимость
Выявляет хромосомные мутации: делеции, дупликации, транслокации, инверсии

arrayCGH — сравнительная геномная гибридизация на микрочипах

arrayCGH (сравнительная геномная гибридизация на микрочипах) — метод, позволяющий оценить структуру всего генома на наличие несбалансированных хромосомных мутаций (делеций и дупликаций). В ходе анализа исследуемую и контрольную ДНК метят разными флуоресцентными красителями, смешивают и гибридизируют на микрочипах с ДНК-зондами, количественно сравнивая интенсивность флуоресценции.

Преимущества метода

Позволяет проанализировать наличие мутаций во всем геноме одновременно

Недостатки метода

Указывает лишь на наличие мутации и требует использования дополнительных методов для уточнения
Неспособен детектировать сбалансированные хромосомные мутации и точечные однонуклеотидные замены
Требователен к входящей концентрации ДНК
Высокая стоимость

ПЦР — полимеразная цепная реакция

ПЦР (полимеразная цепная реакция) — простой и эффективный метод лабораторной диагностики, позволяющий многократно увеличить копии определенных фрагментов ДНК или РНК для качественной или количественной оценки искомого фрагмента. В онкологии может использоваться для обнаружения однонуклеотидных полиморфизмов (аллель-специфическая ПЦР) или микроРНК (цифровая капельная ПЦР). Однако чаще всего ПЦР является частью более сложных методов диагностики, в частности, секвенирования. Помимо этого, ПЦР широко используется для определения наличия потенциально канцерогенных возбудителей (ВПЧ 16 и 18 типов, ВЭБ-инфекции, HBV и HCV, ретровирусы и т.д.).

Определяет наличие потенциально канцерогенных возбудителей ВПЧ 16 и 18 типов, ВЭБ-инфекции, HBV и HCV, ретровирусы и т.д.

Преимущества метода

Относительно недорогой
Доступный
Позволяет определять наличие потенциально канцерогенных ДНК/РНК вирусных и бактериальных агентов
Позволяет использовать любой биоматериал, содержащий ДНК или РНК

Недостатки метода

Возможны ложноположительные результаты
В диагностических лабораториях анализ обычно ограничивается поиском наиболее часто встречаемых мутаций в данной популяции
Для наибольшей эффективности требуется совместное использование с другими методами